Те са най-добре пазената тайна във Вселената. Те са нашата най-добра, последна и единствена защитна линия, когато "близките срещи от трети вид" загрубеят. Агентите в мощно финансирана, но неофициална правителствена агенция, Кей и Джей извършващи имиграционни услуги и наблюдаващи всички извънземни на Земята. Работата им се пази в тайна... и се обличат в черно. Те са "Мъже в черно".
Изминали са четири години от първия филм. Кей вече се е завърнал към спокойствието на цивилния живот, докато Джей продължава да работи за "Мъже в черно". Докато преследва привидно рутинно престъпление, Джей разкрива зъл план, ръководен от Серлийна - отвратително Килотианско чудовище. Това е напрегната надпревара с времето, през която Джей, който трябва да убеди Кей, че е единствения жив човек, способен да спаси галактиката. Проблемът е, че Кей няма никакъв спомен за времето прекарано в агенцията.
Действието се развива както в наши дни, така и през 60-те години на миналия век. В центъра на сюжета отново е агент Джей, който този път се връща назад във времето с една-единствена цел: да опази живота на младия агент Кей, който се е превърнал в мишена на безмилостния мегаломан Борис.
A secret, high-technology international agency called SHADO defends Earth from alien invaders.
The Ministry of Time, a newly established government department, is gathering ‘expats’ from across history in an experiment to test the viability of time-travel. Commander Graham Gore (an officer on Sir John Franklin's doomed 1845 Arctic expedition) is one such figure rescued from certain death – alongside an army captain from the fields of the Somme, a plague victim from the 1600s, a widow from revolutionary France, and a soldier from the seventeenth century.
