Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
La vie paisible de l’intrépide Chihaya prend un tout autre tournant le jour où Arata, un élève fraîchement transféré dans son école lui fait découvrir le Karuta (jeu de cartes traditionnel japonais aux influences littéraires). Mais plus qu’un amour pour le jeu, c’est le fait qu’elle puisse partager ce loisir avec Arata et son ami de toujours, Taichi, qui rend la fillette aussi heureuse. Cependant, le départ de Arata à la fin de l’école primaire créé une blessure auprès des trois amis. Les années passent et Chihaya est aujourd’hui au lycée. Elle retrouve Taichi qu’elle avait perdu de vue au collège. Malheureusement, le temps passe et les gens changent. Taichi n’éprouve plus d’intérêt pour le Karuta mais reste attaché à Chihaya. Alors que Arata n’a plus donné de nouvelles depuis des années, Chihaya prend conscience qu’elle est seule mais compte devenir la numéro un au Karuta pour atteindre le titre de Queen of Karuta…
Qualifiée pour le championnat national de karuta, l’équipe du lycée Mizusawa emmenée par Chihaya et Taichi est cependant en proie à de nombreux doutes. Taichi essaie de monter en grade secrètement tandis que Chihaya s’est trouvée une rivale personnelle en la personne de Wakamiya Shinobu et passe donc son temps à s’entraîner seule contre des gauchers, négligeant la compétition par équipe. Devant le drame vécu par leur ancien ami Arata, Chihaya et Taichi vont cependant reprendre conscience de l’importance de l’esprit de groupe dans leur discipline.
Chihaya et Taichi sont désormais en terminale. Il s’agit donc de leur dernier chance de briller ensemble aux championnats nationaux de karuta sous la bannière du lycée Mizusawa. De son côté, Arata a monté une équipe dans son lycée à Fukui et espère bien pouvoir affronter ses anciens camarades. Cependant, juste avant les éliminatoires, Taichi choisit de quitter le club de karuta pour se consacrer aux examens d’entrée à l’université.
Chihaya Ayase has spent most of her life supporting her sister’s model career. When she meets a boy named Arata Wataya, he thinks Chihaya has potential to become a great karuta player. As Chihaya dreams of becoming Japan's best karuta player, she is soon separated from her karuta playing friends. Now in high school, Chihaya still plays karuta in the hope that she will one day meet her friends again.
This series connects the story of the second movie, "Chihayafuru Part II", with the third movie, "Chihayafuru Part III".
