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前作の舞台、フューリー宇宙刑務所においてリプリーは、エイリアン・クイーンを体内に宿したまま溶鉱炉に身を投じ、永きに渡るエイリアンとの戦いに幕を下ろした。しかしそれから200年後、リプリーは軍の実験宇宙船「オーリガ」で、フューリーに残されていた血液から科学者らの手によりクローンとして再生される。その目的は、リプリーの体内に残されたエイリアン・クイーンの摘出であり、エイリアンを繁殖させて軍事兵器として利用することであった。

地下都市に住む青年リンカーンは最近同じ夢を見続けるのが悩みであり、疑問でもある。彼が住む都市では、安定した暮らしと引き換えに住民はすべてを管理され、抽選で選ばれて地上最後の楽園“アイランド”に引っ越すことが理想とされた。やがてリンカーンは、ひょんなことから“アイランド”の真実を知ってしまう。リンカーンは、好意を抱いた女性ジョーダンが“アイランド”に行くのを阻止し、彼女と都市の外部へ脱出する。

旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠だった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡り、ある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルからさらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン“ミュウツー”だった。

天下一武道会の賞金の取立てを行いにミスター・サタン宅には18号たちが訪れていた。散々取立てを行ってもまだ賞金が届いていないと言い張るサタンの下にジャガー・バッダ男爵の使い・メンメンが現れる。サタンのために用意した戦士と戦えという要求に対していやいやジャガーの下へ向かうサタン。しかし、人造人間18号や同じ場にいた孫悟天、トランクスも付いて行ってしまう。 サタンの弟子として何故か戦うことになった18号たちだが、ジャガーの準備した戦士など彼女らの敵ではなくバイオ戦士たちを一蹴してしまう。その後、見慣れない施設群に興味津々の悟天たちだったが、そこでサイヤ人と思われる一体のバイオ戦士のカプセルを発見、中にいた戦士がこちらを向いた瞬間に悟天たちは驚愕した。それは前回の戦いで死亡したブロリーのクローン、バイオブロリーだった。 バイオカプセルから出てしまう前にバイオブロリーをカプセルごと破壊しようと試みるも、バイオブロリーは自らカプセルを破り外に出てきてしまう。もはやかつての面影のない不気味な様相となっていたバイオブロリーに、18号が戦いを挑むもバイオブロリーの強さに太刀打ちできずにやられてしまう。 2度も同じ相手にやられてたまるかと、悟天とトランクスは超サイヤ人に変身し、バイオブロリーとの戦いに挑む。

ハワイ中に散らばっていた625の試作品を無事に回収したご褒美として、リロ、スティッチ、ジャンバ、プリークリーは、かねてから望んでいた任務を与えられる。ところが、刑務所を脱走した邪悪なハムスターヴィール博士がジャンバを脅迫し、スティッチそっくりの凶悪なリロイを作らせたことで、リロたちにピンチが訪れる！しかもハムスターヴィール博士は、リロイのクローン軍隊も製造していた！この窮地に助けを求めるリロだが、果たして、宇宙のかなたにいるスティッチたちにSOSは届くのか？そしてそれぞれの場所へと行ってしまった彼らの本当の居場所とは?

サムは地球で必要なエネルギー源を採掘するため、3年間で月にたった一人で滞在する仕事に就く。地球との直接通信は許されず、話し相手は1台の人工知能コンピュータだけの環境だったが、任務終了まで2週間を残すある日、サムは自分と同じ顔をした人間に遭遇する。

外界から隔絶された寄宿学校ヘールシャムで、幼いころから共に日々を過ごしてきたキャシー、ルース、トミー。普通の人とは違う“特別な存在”として生を受けたキャシーたちは、18歳のときにヘールシャムを出て、農場のコテージで共同生活を始める。

時は未来、辺り一面の荒野の中、たたずむ裸の男と女。お互い記憶も名前も覚えていなかった。遠くに巨大な都市が見える。その中の人々は、皆同じ顔をしていた。 突然吹き飛ぶ人々。その轟音の中に完全武装したPANDYとRETROがいた。 車を奪い、縦横無尽に逃げまくる！ 追いかける警官たち、壮絶なカーチェイス！！ しかし捕まり、2人は刑務所へと送られる。 その刑務所とは、二度と出られぬ月面の「DEAD LEAVES」であった。 そこで、彼女らを待ち受けるものとは一体……。