1936년 남아메리카. 인디아나 존스 박사는 험난한 밀림 지대를 헤치고 독거미와 온갖 부비트랩을 뚫고서 고대 문명의 동굴에 보관된 보물을 손에 넣는데 성공하지만, 마지막 순간 악덕 고고학자 벨로크에게 빼앗기고 만다. 대학으로 돌아온 인디에게 정보국 사람들이 찾아온다. 정부로부터 성서에 나오는 성궤를 찾으라는 명령을 받는은 인디는 단서를 하나하나 찾아가며 성궤의 행방을 추적해 나간다. 그런데 나치군들도 역시 전쟁에 가지고 나가기만 하면 모든 전쟁에서 승리를 거둘 수 있는 무서운 힘을 지닌 성궤를 찾아나서는데...
무수한 남성을 만난 뒤 조는 첫 남자 제롬(샤이아 러버프)과 조우하고 사랑이라는 감정을 느낀다. 그러나 아이러니하게도 사랑은 성적 쾌감을 빼앗아갔다. 조는 삶의 공허함을 느끼게 되고 가학적인 방식으로 성적 만족을 제공하는 K(제이미 벨)를 찾아간다. 조는 감각을 되찾은 대가로 제롬을 잃지만 여성으로서 자신감을 되찾는다. 아무도 믿지 않고 아무 의미도 추구하지 않던 조는 자신의 분신이자 후계자인 P(미아 고스)에게 마음을 주기 시작하면서 조금씩 달라진다. 길고 긴 조의 경험담이 다다른 결론은 자신의 욕망을 인정한다는 것이다.
냉전이 최고조에 다다른 1957년. 인디아나 존스는 친한 동료 맥과 함께 소련의 한 비행장에서 목숨을 위협하는 소련 특수부대 이리나 스팔코 일당의 추격을 피해 힘겹게 탈출한다. 일상으로 돌아간 인디아나 존스는 대학에서 고고학 강의를 하며 평범하게 지내고 싶어하지만 소련에서의 탈출 사건과 고고학 연구에 관련해 자신의 교수직을 해고하려는 정부의 또 다른 압력이 있다는 것을 알게 된다. 어쩔 수 없이 모든 것을 정리하고 대학을 떠나려던 찰나, 그의 앞에 반항기 가득한 청년 머트 윌리암스가 나타나는데...
