Het IJslandse koppel, Maria en haar man Ingvar, woont samen met hun schapen op een mooie maar zeer afgelegen boerderij. Wanneer ze een mysterieuze pasgeborene ontdekken op hun erf besluiten ze het te houden en op te voeden als hun eigen vlees en bloed. Dit onverwachte vooruitzicht als nieuw gezin brengt hen veel vreugde, maar zal hen uiteindelijk ook vernietigen.
Kerstmis komt eraan en Shaun is opgewonden voor die tijd van het jaar. Shaun gaat op zoek naar een grotere kerstkous en laat een steekje vallen, waarna Timmy per abuis wordt ontvoerd... Kan Shaun hem op tijd terugvinden, voordat Timmy iemands cadeautje wordt?
Shaun en de kudde krijgen te maken met een buitenaardse invasie. Hierdoor moeten ze noodgedwongen op een nieuwe queeste vertrekken. Niet alleen zal hun reis grotere proporties aannemen, ook de waanzin neemt onderweg toe.
Terwijl Henry Oldfield op weg is naar de boerderij waar hij is opgegroeid, bezoeken ook twee activisten de boerderij, die nu in handen is van Henry's broer Angus. Deze hebben namelijk in de gaten dat Agnus experimenten uitvoert met schapen en willen dit stoppen. Maar dan gaat er iets goed mis en langzaam maar zeker beginnen alle schapen in de omgeving te transformeren in bloeddorstige, gewelddadige en levensgevaarlijke schapen.
Wanneer Shaun besluit de dag vrij te nemen en plezier te maken, krijgt hij meer actie dan hij had voorzien. Een vergissing met de Boer, een caravan en een zeer steile heuvel leidt ze allemaal naar de Grote Stad. Het is nu aan Shaun en de kudde om iedereen veilig terug naar huis te brengen.
Colin en Les zijn schapenhoeders en van elkaar vervreemde broers. Hun karakters botsen al eens, niet in het minst doordat Colin introvert is en leergierig terwijl Les heethoofdig is en grof. Na een stille periode van 40 jaar herenigen de broers zich om hun kudde te redden. De overheid wil de schapen immers laten afslachten, nadat een ram is gevonden die een zeldzame ziekte met zich meedraagt.
In The Farmer's Llamas overtuigen de sluwe schapen, de domme boer om te bieden op drie lama's tijdens een lokale kermis. Zodra ze opdagen op de boerderij, veroorzaken ze dergelijke vernietigende chaos dat Shaun ze zorgvuldig moet verwijderen - er ontstaan zo hoge snelheidsachtervolgingen.
De film volgt de familie Schnydrig en hun vijftig zwart neus schapen uit het Zwitserse kanton Wallis een jaar lang. In het voorjaar staan de schapen nog op stal en worden de lammetjes geboren. De schapen brengen de zomer door in het hooggebergte op de alpenweiden; hier hebben de fokkers in de omgeving gezamenlijk een herder ingehuurd die bij de schapen blijft om ze te beschermen tegen de wolven. Het hoogtepunt van het jaar komt eraan in de herfst: de zwarte neus schoonheidswedstrijd. Wie wordt deze keer het mooiste schaap van Wallis?
Shaun the Sheep thinks and acts like a person in a barnyard, which usually gets him into trouble. The farmer's sheepdog, Bitzer, tries to keep Shaun and his friends out of trouble. The farmer is oblivious to the humanlike features of his flock, who are like one big, happy family.
