A história do novo filme passa-se na floresta de Okoya, um paraíso Pokémon protegido por regras rígidas que proíbem os visitantes. O filme centra-se em Coco, um rapaz que foi criado por um Pokémon e que também se considera um só, tratando o Mítico Pokémon Zarude como seu pai. Ash e Pikachu encontram Coco durante uma das suas aventuras.
Num mundo onde as pessoas colecionam Pokémons para travarem batalhas, um rapaz conhece um Pokemón inteligente que sabe falar e quer tornar-se detetive.
Ash e os seus amigos, nunca fogem a uma luta e sabem muito bem que, por vezes, são os pormenores que fazem toda a diferença! Eles encontram um desembaraçado mas irascível Pokémon, chamado Shaymin. Quando o Shaymin está a tentar juntar-se aos seus amigos, presencia um combate titânico entre Dialga e Giratina. Giratina é o guardião do Mundo Inverso e não vai permitir intrusos no seu território. Adicione-se à receita um prestável explorador, um perigoso vilão e um plano para dominar o mundo e temos os todos condimentos para mais uma aventura épica! Como irá Ash, com os seus amigos, conseguir superar as adversidades? O altivo e obstinado Shaymin, conseguirá juntar-se a tempo ao
Um enorme Pokémon cai dos céus diante de Ash e os amigos! Através da nuvem de poeira causada pelo impacto, vemos o mítico Volcanion que mora no isolado Navel Plateau, juntamente com outros Pokémon que foram feridos por humanos e, por causa disso, Volcanion não gosta de ninguém. Volcanion ignora Ash e os amigos, e tenta afastar-se mas, por alguma razão, Ash acaba por ser atraído para ele. Incrivelmente, sem nenhum deles perceber, os dois acabam ligados entre si por uma estranha corrente! Mesmo que eles queiram ficar separados, acaba por ser impossível. Sem outra escolha, Volcanion começou a correr para o Reino de Azoth, e luta constantemente contra Ash.
No passado lendário, antes das Poké Balls serem inventadas, um Pokémon herói guiador de aura chamado Lucario sentiu dois grupos de exércitos prestes a se enfrentar, e uma ameaça de uma guerra maciça em frente ao Castelo Oldoran em Kanto que não deixaria sobreviventes. Ele transferiu esta mensagem para seu mestre, o lendário herói Arlon, enquanto ele estava sendo atacado por um grupo violento de Hellgar. Durante a batalha, seu sentido de visão foi perdido e ele ficou incapaz de ver. Ele usou a deteção de sua Aura, e assim com a ofensiva Wave Bomb, ele os eliminou. Embora pela ameaça, a rainha de Rota, Lady Rin estava decidida a morrer com seus civis, e então Arlon fez uma escolha.
A caminho de uma Competição Pokémon, o nosso grupo de aventureiros passa pela Aldeia dos Álamos, onde ficam situadas as Torres Espaço-Tempo. Acompanhado por Alice e pelos seus amigos, Ash descobre que algo está a provocar horríveis pesadelos, tanto a pessoas, como ao Pokémon! Gil Cacique, um tipo muito bem vestido, mas extremamente arrogante, atribui de imediato a responsabilidade destes factos a Darkrai. Como se tivesse ouvido tal acusação, Darkrai aparece e confronta os nossos Heróis! Quem é o Darkrai? Será amigo ou inimigo? Os céus rasgam-se, por cima da Aldeia dos Álamos e os Pokémon Lendários Dialga e Palkia perseguem-se através das fendas de uma nova dimensão, numa batalha sem fim, que ameaça destruir o continuum espaço-tempo! Será que Ash e os seus amigos vão sobreviver aos acontecimentos e descobrir a verdadeira natureza de Darkrai?
Ash e Pikachu viajam até à cidade futurista de Larousse. Aí, encontram Tory, um novo amigo, e deparam-se com Deoxys, um Pokémon nunca antes visto!
"A História da Origem de Mewtwo" é um vídeo de cerca de dez minutos que foi excluído do primeiro filme de Pokémon. Ele conta a história do Mewtwo antes da explosão do laboratório da Team Rocket.
