Jim Graham (Christian Bale) é um garoto de 11 anos de uma família inglesa que vive no Oriente. Jim tem um padrão de vida alto, mas de repente é separado de seus pais em virtude da China ser invadida pelo Japão. Isto o força a se defender e o obriga a crescer, tornando-se então um sobrevivente em um campo de concentração com rígidas regras.
É o ano de 1641, dois clãs ninjas, o da terra de Koga e o de Iga. Ambos são inimigos, mas têm um acordo de não entrar em guerra um com o outro. Os herdeiros dos líderes de ambas vilas se apaixonam sem saber que um é inimigo do outro por causa das tradições dos clãs. Mas um trágico destino espera o casal, é lançada uma maldição sobre a existência das famílias que coloca as duas vilas uma contra a outra. Os melhores ninjas de Koga e Ida são escolhidos para lutar uns contra os outros e Gennosuke Albora, o casal apaixonado, é colocado frente a frente aos inimigos. Por séculos eles vivem em guerras da escuridão, com estranhos poderes e habilidades, vivem somente para batalha, eles são Shinobi.
