Sonic, Knuckles e Tails reúnem-se contra um novo e poderoso adversário, Shadow, um vilão misterioso com poderes diferentes de tudo o que alguma vez tiveram de enfrentar. Ao terem as suas capacidades ultrapassadas em todos os aspetos, a Equipa Sonic tem de recorrer a uma aliança inesperada, na esperança de conseguir deter Shadow e proteger o planeta.
Sonic é um ouriço azul de origem alienígena que acidentalmente aterrou no planeta Terra durante uma fuga às forças malignas do seu planeta natal. Foi assim que conheceu o xerife Tom Wachowski, de quem se tornou inseparável e a quem se aliou na luta contra o terrível Dr. Ivo Robotnik. Agora, quando tudo parecia tranquilo, Robotnik regressa à Terra com Knuckles, seu aliado na maldade, em busca de uma poderosa esmeralda que lhe dará grandes poderes. Percebendo o perigo que enfrentam, Sonic e Tom vão ter de encontrar a pedra preciosa antes que seja demasiado tarde.
Um polícia na cidade rural de Green Hills vai ajudar o Sonic a escapar das autoridades, que andam a tentar deitar-lhe a mão.
Knuckles embarks on a hilarious and action-packed journey of self-discovery as he agrees to train Wade as his protégé and teach him the ways of the Echidna warrior.
